„Scrubs“ erhielt bereits diverse Auszeichnungen und Nominierungen. Für den wichtigsten US-amerikanischen Fernsehpreis Emmy wurde 2002 die Besetzung für eine Comedyserie ebenso nominiert wie die Regie in der Folge „My old Lady“ (1.04 Meine Lieblingspatientin). 2003 und 2004 kam die Besetzung erneut in die Endauswahl, ebenso der Schnitt und das Drehbuch für die Folge „My Screw Up“ (3.14 Meine Schuld). Ein Jahr danach gewann die Reihe einen Preis für den Schnitt in der Folge „My Life in Four Cameras“ (4.17 Meine Sitcom). Nominierungen erhielt die Serie für die „Beste Comedyserie“, „Beste Hauptrolle in einer Comedyserie“ (Zach Braff) sowie „Beste Besetzung einer Comedyserie“. 2006 kam die Serie in die Endauswahl für die „Beste Comedyserie“.

Für den anderen bedeutenden Preis, den Golden Globe, wurde Zach Braff jeweils 2005 und 2006 als „Bester Hauptdarsteller in einer Fernsehserie – Comedy/Musical“ nominiert.